Los objetivos de la Federación, siempre dentro de un contexto que suponga un mejor desarrollo y protección de los principios básicos y esenciales de la medicina, son:
- Intervenir cerca de los organismos pertinentes en la enseñanza de la medicina, a todos sus niveles, con el fin de facilitar la participación de las Sociedades Científicas en el logro de una adecuada formación en la Medicina y sus especialidades.
- Servir de instrumento para que las diferentes Sociedades puedan coordinarse entre si, para la realización de actividades comunes.
- Intervenir ante los organismos pertinentes responsables de la educación, planificación y gestión sanitarias, con el fin de colaborar en garantizar el derecho constitucional a la protección de la Salud de todos los ciudadanos sin discriminaciones.
- Colaborar en el mantenimiento del principio de que en la constitución y resolución de los procedimientos de selección de personal facultativo de las especialidades prevalezcan criterios de independencia y de adecuada cualificación médica.
- Representar ante las diferentes entidades públicas o privadas a las Sociedades federadas, en aquellos campos comunes y que superen el ámbito de una única especialidad médica
- Representar a nivel internacional, y de una manera especial en él marco de la Unión Europea, a las Sociedades Científicas en aquellos temas que superen el campo estricto de una única especialidad.
Estos fines van dirigidos genéricamente a facilitar que cada una de las Sociedades federadas pueda alcanzar sus objetivos específicos, por lo que la Federación no intervendrá en aquellos temas de su competencia o problemas que sean propios de cada Especialidad, salvo que su actuación sea solicitada por la Sociedad correspondiente.
